La legge regionale sulle aree protette individua zone come: la Palude e il bosco di Rauccio e le sorgenti dell'Idume; i Laghi Alimini; l'Isola di S. Andrea e il Litorale di Punta Pizzo; il Boschetto di Tricase; la Costa Otranto-S. Maria di Leuca; la Palude del Capitano; la Duna Costiera e la Palude del Conte. Tali zone vanno difese e protette per le caratteristiche proprie e peculiari; vediamo quali sono.

Paludi e bosco di Rauccio - Sorgenti dell'Idume (Territorio del comune di Lecce)
   Il bosco di Rauccio è uno degli ultimi lembi superstiti della medioevale "Foresta di Lecce" che dalla città giugeva sino al mare. E' costituito da una lecceta inquadrabile nell'associazione fitosociologica Viburno-Quercetum ilicis. Le aree paludose che circondano il bosco presentano una vegetazione alo-igrofila diversificata ed individuata come "habitat prioritario" dalla Direttiva UE 92/43.
   Il bacino dell'Idume, risorgiva carsica, presenta un altro "habitat prioritario" il Chetomorpho-Ruppietum. Nell'area sono presenti ben 5 specie della "Lista Rossa della Flora Italiana" (Periploca graeca, Serapias orientalis, ecc.) ed altre della "Lista Rossa regionale" in corso di definizione da parte della S.B.I. L'area è stata affidata dall'E.R.S.A.P. in gestione al WWF-Italia Sezione di Lecce, ma di fatto ricade ancora nell'ambito di un'Azienda Faunistico-Venatoria.

Laghi Alimini (Territorio del comune di Otranto)
   La zona assume rilievo per la presenza di questi due importanti specchi d'acqua in comunicazione tra loro, ma di diversa origine, l'uno carsico" Fontanelle" l'altro lagunare " Alimini Grande" che consentono la coesistenza di vari "habitat prioritari", individuati in base alla Direttiva UE 92/43, come la duna costiera, la pineta, la laguna. La flora annovera varie specie della "Lista Rossa" tra cui: Periploca maggiore (Periploca greca), l'orchidea palustre (Orchis palustris), la Campanella palustre (Ipomea sagittata). Il sistema dei Laghi Alimini è un'importante area di sosta e svernamento dell'avifauna acquatica. Segnalata la riproduzione del Mestolene (Anas clypeata), del Succiacapre (Caprimulgus europaeus) e probabile del Lodolaio (Falco subbuteo). Notevole presenza di rettili ed anfibi. Area di presenza del Tasso (Meles meles).

Isola di Sant'Andrea - Litorale di Punta Pizzo (Territorio del comune di Gallipoli)
   L'Isola di Sant'Andrea si presenta come una piccola isola disabitata caratterizzata da coste rocciose. Gli "habitat prioritari" si presentano sotto forma di steppe salate di salicornia. Presenza endemica di specie inserite nella "Lista Rossa regionale" come la Statice japica (Limonium japigicum). L'isola è stata individuata di recente come l'unico sito regionale di nidificazione del rarissimo Gabbiano corso (Larus audonii) specie prioritaria, endemica del Mediterraneo.
   Il litorale di Punta Pizzo comprende diversi ambienti di notevole importanza, che formano un interessante ed unico mosaico ambientale. Di rilievo è il tratto a gariga ubicato nei pressi della costa di Punta Pizzo, dove sono presenti, all'interno di una residua area a gariga, alcune specie vegetali di notevole importanza quali: Hanthillis hermanniae e Erica manipluriflora. Le aree umide, corrispondenti al canale Li Foggi ed alle attigue aree di acquitrinio risultano importanti sia per la vegetazione, ospitando probabilmente la rara Ipomea sagittata, sia per l'avifauna acquatica che sosta numerosa durante le migrazioni. Osservazioni recenti hanno individuato la possibile nidificazione del Cavaliere d'Italia. Importanti appaiono inoltre le aree di vegetazione costiera a Ginepri su duna.

Bosco di Tricase (Territorio del comune di Tricase)
   Si estende per circa 1,5Ha l'unica stazione dell'Europa occidentale con purezza monofitica della Quercia Vallonea (Quercus ithaburensis subsp. macrolepis). Si tratta di una specie minacciata inclusa nella "Lista Rossa" della flora italiana. Le cupole della quercia vallonea avevano un importante funzione nell'economia tricasina tradizionale, quella dei conciatori "pelecane", in quanto utilizzate per produrre tannino.

Costa Otranto - S. Maria di Leuca (Territorio dei comuni di: Otranto, S. Cesarea Terme, Castro, Andrano, Tiggiano, Cornano, Tricase, Gagliano del Capo, Castrignano del Capo)
   Area di eccezionale bellezza paesaggistica costituita da uno dei pochi esempi di costa alta ancora integra dell'Italia peninsulare. Ricca di fenomeni carsici ed erosivi. La flora presenta rari endemismi inseriti nella "Lista Rossa" nazionale. L'area inoltre rappresenta un eccezionale sito fitogeografico per la presenza di specie trans-adriatiche. Tra la flora ricordiamo: Fiordaliso di Leuca (Centaurea leucadea), Alisso di Leuca (Aurinia leucadea), Campanula pugliese (Campanula versicolor), Efedra (Ephedra campylopada), della quale è l'unica stazione italiana, mentre la rarissima Veccia di Giacomini (Vicia giacominiana) è un'endemica puntiforme. Oltre alla presenza di diverse specie nidificanti, ad un interessante passaggio migratorio, ricordiamo come in quest'area vi sia stata l'ultima presenza regionale del mammifero più raro d'Europa, la foca monaca (monachus monachus). In alcune delle cavità carsiche che si aprono lungo la costa sono presenti rare cenosi ipogee con diversi invertebrati endemici: Italodytes stammeri, Typhlocoris salentina, Haloblothrus gigas. La zona racchiude uno dei siti preistorici più importanti d'Europa con ricche manifestazioni di arte rupestre nella Grotta dei Cervi a Porto Badisco.

Palude del Capitano (Territorio del comune di Nardò)
   Rilevante fenomeno carsico rappresentato da varie risorgive a forma di dolina colme d'acqua salmastra, localmente dette "spunnulate", presentano una caratteristica vegetazione idrofila a Ruppia. Nelle aree circostanti di rilievo la presenza dello Spinaporci (Sarcopoterium spinosum) che ha qui l'unica stazione di presenza regionale e la seconda conosciuta per tutta l'Italia. E' presente anche una rigogliosa stazione di Salicornieto, "habitat prioritario". Importante stazione di sosta lungo le vie migratorie.

Palude del Conte e duna costiera (Territorio del comune di Porto Cesareo)
   L'area, caratterizzata da una vasta depressione retrodunale con ricca e diversificata vegetazione igrofila ed alofila, con specie rare della "Lista Rossa" come: L'Orchidea di palude (Orchis palustris), e la Campanella palustre (Ipomea saggitata), è luogo di sosta per migratori acquatici.